אגודת "בית וגן" להקמת שכונה בעלת צביון דתי-לאומי במערב ירושלים נוסדה ב-1920 ועל ראשיה נמנו הרב יוסף מרדכי הלוי, הרב אברהם חיים צוובנר-שאג, ירחמיאל אמדורסקי, עו"ד אהרון מני (ממשפחת מני) ובנימין קוקיה. השכונה תוכננה להיות בת 70 בתים פרטיים, עם גן נוי פרטי לכל אחד כדוגמת שכונת הגנים בית הכרם. לאגודה נרשמו לבסוף 250 חברים ורכישת האדמות מכפרי הסביבה עין כרם ואל-מאלחה החלה ב-1921. הבנייה החלה ב-1926 ונבנו בה 25 בתים ברחוב "הרב קוק" (כיום רחוב בית וגן) ובהם "בית הכנסת הספרדי הגדול". ב-1929 הוקמה שכונת "בני ברית" על ידי חברי בני ברית בנקודה הגבוהה ביותר בשכונה באותה עת (רחוב בית וגן 36 - 56)‏^[2], ובה הוקם גם מגדל מים בסיוע בני ברית. ממייסדי השכונה ורבה הראשון היה הרב שמואל אליעזרי, שמונה לרב השכונה ב-1930‏^[3].

בעת הקמתה הייתה בית וגן מבודדת משאר שכונות העיר והיוותה את גבולה המערבי של ירושלים. רכישת השטחים לבניית השכונה הסתיימה בשנת 1932, כאשר יהודה שטיינברג רכש קרקע מחמולת עיישה מעין כרם, במקום שהיה מיועד לבניית מנזר‏^[4].

במלחמת העצמאות  ערכה את ניסיונם הראשון להגיע לגוש עציון דרך השכונה דרומה, אך בשל קשיים חזרו בחזרה. בפעם הבאה הם יצאו לגוש עציון דרך הר-טוב.

לאחר מלחמת העצמאות החלה בשכונה תנופת בנייה על ידי חברי תנועת  בראשות הרב מרדכי ברויאר. בקצה הדרומי של השכונה הייתה מחצבה, בה הוקם מאגר מים מרכזי לכל מערב ירושלים.
 

שמה של השכונה נגזר מסגנון הבניה אשר אפיין את שנותיה הראשונות כאשר לכל בית היה שטח פתוח ששימש לגינה. הרחוב הראשי בה נקרא "רחוב הפסגה", משום שהיה הרחוב הגבוה ביותר בירושלים, עד בניית שכונת גילה.‏‏‏^[5] ברחוב בית וגן פעלה מאפיית אנג'ל בשנותיה הראשונות עד להעברתה בשנת 1959 לגבעת שאול.

כיום נהרסו מרבית בתיה המקוריים של השכונה, אשר התאימו לשמה "בית וגן" ונותרו רק בתים מעטים היכולים להצביע על הסגנון המקורי של בית צמוד גינה.

בכניסה ממוקמים שני בתי מלון ובפאתיה הדרומיים ממוקם פרויקט הולילנד השנוי במחלוקת. מלון נוסף בשכונה הוא מלון שלום, בו שכנו אולפני רדיו ירושלים. השכונה מוכרת גם בשל מגרשי האימונים של קבוצת הכדורגל  השוכנים למרגלותיה, בסמוך לבית חולים שערי צדק.
 

מבחינה דמוגרפית נחשבת בית וגן כיום לשכונה דתית. רוב תושביה חרדים‏^[6], ובתחומיה מצוי ריכוז גדול של מוסדות חינוך דתיים ובתי כנסת. בין הישיבות המרכזיות בשכונה ניתן לציין את ישיבת קול תורה, קריית נוער, ישיבת עטרת ישראל, ישיבת אור ברוך, ישיבת קול יעקב, ישיבת באר התורה, ישיבת נתיב מאיר, ישיבת נתיבות חכמה(וולפסון),ישיבת חכמת שלמה וכן בית מדרש גבוה לדיינות מכון אריאל. במשך השנים ראו אדמו"רים רבים את שכונת בית וגן לטובה, ובחרו לקבוע בה את משכנם. עם אדמו"רים אלו נמנו האדמו"רים מאמשינוב, ומסוכטשוב, האדמו"ר יוחנן טברסקי מטולנא, והאדמו"ר מראדזין. כיום ישנם שני מרכזי חסידות בולטים בשכונה, והם חסידויות אמשינוב וסוכטשוב. מוסדות מרכזיים אחרים הם תיכון הימלפרב,ותיכון בויאר. בשיפולי השכונה, בקרבת גבעת מרדכי, נמצאים אולפנת חורב, מכללה ירושלים ומכון לב.

בשנים האחרונות קבוצות גדולות של עולים חדשים מצרפת ודרום אמריקה מתיישבים בשכונה במרוכז.

הרחוב הארוך ביותר בשכונה עוזיאל הוא רחוב מעורב בעל רוב דתי לאומי מיעוט ענק של חרדים ומיעוט גדול של חילונים

הרחובות שחראי, חקלאי, חכמי והרחובות הסובבים הם רחובות המאופיינים באוכלוסייה חילונית/דתית לאומית אמידה יחסית הרחובות מאוגדים תחת השם "מורדות בית וגן"